Журнал публикует оригинальные научные статьи по применению теории алгоритмов, методов прикладной математики и статистики для решения биологических задач.

В тематику статей журнала входят:
• биоинформатика (применение алгоритмов и статистических процедур для анализа огромных объемов информации, порождаемой высокотехнологичными методами экспериментальной биологии и молекулярной генетики);
• математическая биология (формализация и математическое моделирование биологических объектов и их сообществ);
• вычислительная геномика (изучение структуры и функций геномов клеток и организмов);
• молекулярное моделирование (математическое моделирование биологических процессов, включая имитационное моделирование);
• структурная биология (моделирование и предсказание по экспериментальным данным структур биомолекул и их комплексов);
• вычислительная биохимия и биофизика (кинетические и термодинамические модели клеточных процессов и их взаимодействий, методы молекулярной динамики).